Prezbiterium
W prezbiterium uwagę przyciąga odnowiony i ozdobiony polichromią ołtarz główny z wizerunkiem patronki świątyni – Maryi Panny z Dzieciątkiem, której postać zdobi srebrna szata. Na sklepieniu wymalowano wizerunki polskich świętych, nawiązujące do Ewangelii ośmiu błogosławieństw.
Kaplica Świętej Rodziny
Od strony północno-wschodniej znajduje się kaplica Świętej Rodziny. Charakterystyczne jest, że wśród figur ołtarzowych w miejsce św. Joachima umieszczono figurkę św. Jana Kantego profesora Akademii Krakowskiej.
W kaplicy znajduje się kamienna barokowa chrzcielnica ze złotą pokrywą, zwieńczoną krzyżem. To właśnie przy niej 20 czerwca 1920 roku Karol Wojtyła został ochrzczony przez ks. Franciszka Żaka, kapelana wojskowego i wikariusza wadowickiej parafii. W hołdzie wdzięczności za otrzymany Sakrament Chrztu chrzcielnicę tę Karol Józef Wojtyła ucałował kilkakrotnie, m.in.: 27 listopada 1966 roku jako Arcybiskup Metropolita Krakowski podczas uroczystości Millenium Chrztu Polski w dniu odpustu parafialnego w Wadowicach, 18 maja 1970 roku jako Kardynał Metropolita Krakowski z okazji 50. rocznicy swoich urodzin, oraz 7 czerwca 1979 roku jako papież Jan Paweł II podczas pierwszej pielgrzymki do Ojczyzny i rodzinnego miasta.
Kaplica Matki Bożej Nieustającej Pomocy
Od strony północno-zachodniej licząca ponad sto lat kaplica Matki Bożej, w której umieszczony jest cudowny obraz Matki Bożej Nieustającej Pomocy, ukoronowany przez Ojca Świętego Wadowiczanina w dniu 16 czerwca 1999 roku podczas Jego trzeciej wizyty w rodzinnym mieście. Od świątyni kaplica oddzielona jest czarną kratą, na której umieszczono herb papieski i napis Totus Tuus oraz liczne wota składane przez wiernych w dowód wdzięczności za otrzymane łaski. U dołu obrazu łaciński napis „S. Maria de Perpetuo Succursu” – Matka Boża Nieustającej Pomocy. Obraz od ponad stu lat otaczany jest w Wadowicach i okolicy wielką czcią. Szczególnym kultem cieszy się wśród dzieci i młodzieży. Codziennie przed wyjściem do szkoły modlił się przed nim Karol Wojtyła. Cudowny obraz znajduje się na środku neogotyckiego ołtarza zbudowanego w 1903 roku. Po lewej stronie obrazu na czerwonej poduszce umieszczono złoty papieski różaniec. Z prawej strony na obudowie ołtarza ustawiono budzik – dar mieszkańców Lourdes dla Jana Pawła II. Po śmierci papieża zegar ten, który stał w apartamentach Ojca Świętego, przekazany został jako wotum dla Pani Wadowickiej, stając się – obok zegara słonecznego na południowej elewacji świątyni – elementem symbolicznej klamry spinającej czas życia Jana Pawła II.
Kaplica Ukrzyżowanego Chrystusa
Od strony południowo-wschodniej znajduje się kaplica Świętego Krzyża z wizerunkiem Ukrzyżowanego Chrystusa. Złożono w niej także relikwie św. Ojca Maksymiliana Marii Kolbego, św. Szymona z Lipnicy oraz św. Ojca Pio.
Kaplica św. Jana Pawła II
Od strony południowo-zachodniej powstała kaplica papieska, w której złożone są relikwie św. Jana Pawła II. Wystrój kaplicy stanowią elementy papieskiego ołtarza wzniesionego przed Bazyliką z okazji spotkania Benedykta XVI z wiernymi w Wadowicach 27 maja 2006 roku, podczas papieskiej pielgrzymki śladami Wielkiego Poprzednika. Kaplicy symbolicznie strzegą postacie strażników w barwnych mundurach Gwardii Szwajcarskiej.